CEIR-OS Bedienungsanleitung
0.1.0 - ci-build Germany

CEIR-OS Bedienungsanleitung - Local Development build (v0.1.0) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

Übersicht

Official URL: https://bih-cei.github.io/ceir-os-ig/ImplementationGuide/ceir-os-ig Version: 0.1.0
Draft as of 2026-03-16 Computable Name: CEIROSImplementationGuide

CEIR-OS (Claude-Enabled Interoperability Research Operating Stack) ist ein Docker-basiertes Toolkit für die medizinische Interoperabilitätsforschung. Es kombiniert Terminologieserver, KI-gestützte Werkzeuge und Literaturverwaltung in einer einheitlichen, lokal betreibbaren Umgebung.

Was ist CEIR-OS?

CEIR-OS stellt rund 13 Services bereit, die über ein gemeinsames Docker-Netzwerk miteinander kommunizieren. Im Zentrum stehen:

  • Terminologie-Services: Snowstorm (SNOMED CT), MII OntoServer (ICD-10-GM, OPS, ATC) und lokale LOINC-Daten mit deutschen Labels
  • KI-Unterstützung: Lokale LLMs via Ollama, eine OpenAI-kompatible Bridge mit Tool-Calling und eine Chat-Oberfläche (OpenWebUI)
  • Forschungswerkzeuge: Zotero-Literaturverwaltung, FDPG Query Builder (AskMII) und FHIR-Spezifikationsnavigator

Service-Übersicht

Terminologie-Services (lokal)

Service Port Quelle Funktion
Snowstorm 8090 Eigener Container SNOMED CT FHIR TermServer (v10.8.2) auf Elasticsearch
SNOMED Browser 4000 Eigener Container Web-Oberfläche für SNOMED CT
Terminology MCP 3000 / 3002 Eigener Container Zentraler Terminologie-Zugang mit 8 MCP-Tools

Der Terminology MCP aggregiert drei Terminologie-Quellen:

CodeSystem Quelle Offline-fähig
SNOMED CT Snowstorm (lokaler FHIR Server) Ja
LOINC (+ deutsche Labels) Lokale Dateien (vorindexiert) Ja
ICD-10-GM, OPS, ATC MII OntoServer (remote, mTLS) Nein

Details: Terminology MCP Server · Terminologie-Tools

KI und Chat

Service Port Funktion
Ollama 11434 Lokaler LLM-Server (qwen2.5:7b Standard)
MCP Bridge 8000 OpenAI-kompatible API mit Tool-Routing zu MCP-Servern
Open WebUI 3080 Chat-Oberfläche mit Tool-Unterstützung

Forschungswerkzeuge

Service Port Funktion
AskMII 2026 FDPG Query Builder (KDS 2026.0.0)
Zotero Comfort 3001 Literaturverwaltung MCP (Gruppen- + persönliche Bibliothek)
FHIR Spec MCP 8002 FHIR R4 Spezifikationsnavigator

Betrieb

Service Aufruf Funktion
Doctor docker compose run --rm doctor Funktionaler Health Check aller Services (DNS, SNOMED Routing, LOINC Tools)

Schnellstart

# Repository klonen
git clone https://github.com/BIH-CEI/ceir-os.git
cd ceir-os

# Konfiguration erstellen
cp .env.example .env
# .env anpassen (Pfade, Zertifikate, API-Keys)

# Stack starten
docker compose up -d

# Status prüfen
docker compose ps

Details zur Konfiguration und Installation findest du auf der Seite Installation.

Seitenverzeichnis

Seite Inhalt
Anwendungsfälle Wer nutzt CEIR-OS und wofür? Rollen, Use Cases und Tool-Zuordnung
System-Architektur Netzwerk, Service-Gruppen, Datenflüsse und Volumes
Architekturentscheidungen Warum lokaler Snowstorm? Warum eigener MCP? 7 dokumentierte ADRs
Installation Schritt-für-Schritt-Anleitung
Terminology MCP Server Zentraler Terminologie-Zugang (SNOMED, LOINC, ICD-10-GM, OPS, ATC)
Snowstorm SNOMED CT SNOMED CT Server, Import und FHIR API
FHIR Spezifikations-Navigator FHIR R4 Ressourcen-Definitionen nachschlagen
AskMII FDPG FDPG Query Builder für das Forschungsdatenportal Gesundheit
Zotero Literaturverwaltung Literaturverwaltung mit PubMed- und arXiv-Integration
MCP-OpenAI Bridge Bridge zwischen MCP-Tools und lokalen LLMs
Lokale LLMs Ollama, OpenWebUI und Modell-Empfehlungen
Terminologie-Tools Alle 8 Tools mit Parametern und Beispielen
FHIR Mappings ConceptMap, StructureMap und Mapping-Workflows
Fehlerbehebung Häufige Probleme und Lösungen