CEIR-OS Bedienungsanleitung - Local Development build (v0.1.0) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

Snowstorm SNOMED CT

Snowstorm ist der SNOMED CT Terminologieserver in CEIR-OS. Er stellt eine vollständige FHIR R4-konforme Schnittstelle für SNOMED CT bereit.

Übersicht

FHIR R4 API

Snowstorm stellt folgende FHIR-Operationen bereit:

CodeSystem/$lookup

Details für einen bekannten SNOMED CT Code abrufen:

curl -s "http://localhost:8090/fhir/CodeSystem/\$lookup?system=http://snomed.info/sct&code=84114007" | jq .

Antwort (gekürzt):

{
  "resourceType": "Parameters",
  "parameter": [
    { "name": "name", "valueString": "SNOMED CT" },
    { "name": "display", "valueString": "Heart failure" },
    { "name": "property", "part": [
      { "name": "code", "valueCode": "parent" },
      { "name": "value", "valueCode": "84114007" }
    ]}
  ]
}

ValueSet/$expand

SNOMED CT ValueSets expandieren (z.B. alle Kinder eines Konzepts):

curl -s "http://localhost:8090/fhir/ValueSet/\$expand?url=http://snomed.info/sct?fhir_vs=ecl/<< 84114007&count=10" | jq .

ConceptMap/$translate

Code-Übersetzungen zwischen Terminologien:

curl -s "http://localhost:8090/fhir/ConceptMap/\$translate?system=http://snomed.info/sct&code=84114007&targetSystem=http://hl7.org/fhir/sid/icd-10" | jq .

Expression Constraint Language (ECL)

Snowstorm unterstützt die SNOMED CT Expression Constraint Language für komplexe Abfragen:

Beispiel: Alle Diabetes-Untertypen finden:

curl -s "http://localhost:8090/fhir/ValueSet/\$expand?url=http://snomed.info/sct?fhir_vs=ecl/<< 73211009&count=20" | jq '.expansion.contains[] | {code, display}'

SNOMED CT Browser

Der SNOMED CT Browser bietet eine grafische Oberfläche zur Exploration der Terminologie:

Öffne http://localhost:4000 im Browser, um SNOMED CT Konzepte zu suchen, Hierarchien zu navigieren und Beziehungen zu erkunden.

SNOMED CT Daten

Die SNOMED CT ZIP-Datei wird teamintern bereitgestellt und direkt als Volume in den Container gemountet.

Lokal: Die ZIP-Datei wird über SNOMED_PACKAGE_PATH in der .env referenziert. Beim ersten Start entpackt der snomed-unpacker-Container die Datei automatisch in das sct_files-Volume.

CI/CD: In Pipelines kann die ZIP-Datei als Build-Artefakt oder über einen vorbereiteten Volume-Mount bereitgestellt werden.

Import-Ablauf

Der Import erfolgt beim ersten Start automatisch über zwei Init-Container:

1. snomed-unpacker: Entpackt die gemountete ZIP in das sct_files-Volume
2. snomed-importer: Lädt die RF2-Dateien über die Snowstorm REST API

Der Importvorgang kann je nach Paketgröße 10-30 Minuten dauern:

# Unpacker-Fortschritt
docker logs ceir-snomed-unpacker

# Importer-Fortschritt
docker logs -f ceir-snomed-importer

Nach erfolgreichem Import wird eine Marker-Datei (.unpacked) im Volume angelegt. Bei einem Neustart wird der Import übersprungen.

REST API Beispiele

Suche nach Konzepten:

curl -s "http://localhost:8090/browser/MAIN/concepts?term=heart+failure&limit=5" | jq '.items[] | {conceptId, fsn: .fsn.term}'

Konzept-Details abrufen:

curl -s "http://localhost:8090/browser/MAIN/concepts/84114007" | jq '{conceptId, fsn: .fsn.term, definitionStatus}'

Beschreibungen eines Konzepts:

curl -s "http://localhost:8090/browser/MAIN/concepts/84114007/descriptions" | jq '.[].term'

Konfiguration

Snowstorm ist im Schreibmodus konfiguriert (snowstorm.rest.api.readonly=false), um den initialen Import zu ermöglichen. Für Produktionsumgebungen sollte der Lesemodus aktiviert werden.