CEIR-OS Bedienungsanleitung - Local Development build (v0.1.0) built by the FHIR (HL7® FHIR® Standard) Build Tools. See the Directory of published versions

Installation

Diese Seite beschreibt die Installation und Ersteinrichtung von CEIR-OS.

Voraussetzungen

Schritt 1: Repository klonen

git clone https://github.com/BIH-CEI/ceir-os.git
cd ceir-os

Schritt 2: Konfiguration erstellen

cp .env.example .env

Öffne die .env-Datei und passe folgende Pfade an:

Schritt 3: SNOMED CT ZIP-Datei einbinden

Das SNOMED CT RF2-Paket wird teaminternen bereitgestellt.

1. Lade die SNOMED CT ZIP-Datei aus dem bereitgestellten Speicherort herunter
2. Trage den Pfad zur ZIP-Datei in SNOMED_PACKAGE_PATH ein — die Datei wird direkt als Volume gemountet
3. Der SNOMED Unpacker entpackt die ZIP beim ersten Start automatisch

Schritt 4: mTLS-Zertifikate für MII OntoServer

Für den Zugriff auf ICD-10-GM, OPS und ATC über den MII OntoServer benötigst du mTLS-Zertifikate. Es gibt zwei Optionen:

Lokal: Volume-Mount (Standard)

Zertifikatsdateien werden zur Laufzeit als Read-Only-Volume in den Container gemountet — sie sind nie im Image enthalten.

mkdir -p certs
# Lege folgende Dateien ab:
# certs/client.pem        - Client-Zertifikat
# certs/client.key         - Privater Schlüssel
# certs/root-ca.pem        - Root CA
# certs/intermediate.pem   - Intermediate CA

Die CERT_PASSPHRASE ist teaminternen Kanälen zu entnehmen und in der .env-Datei einzutragen.

CI/CD: Base64-Umgebungsvariablen

In CI/CD-Pipelines (z.B. GitHub Actions) können die Zertifikate stattdessen als Base64-kodierte Umgebungsvariablen übergeben werden. Der Container dekodiert sie beim Start.

# Zertifikate kodieren (einmalig)
base64 -i client.pem | tr -d '\n'

Die kodierten Werte werden als Secrets hinterlegt und über Umgebungsvariablen übergeben:

• CERT_CLIENT_PEM_B64
• CERT_CLIENT_KEY_B64
• CERT_ROOT_CA_B64
• CERT_INTERMEDIATE_B64

Hinweis: Zertifikate sind in keinem Fall im Docker-Image enthalten. Lokal werden sie per Volume gemountet, in CI/CD per Umgebungsvariable injiziert.

Schritt 5: LOINC-Daten herunterladen

1. Registriere dich bei loinc.org
2. Lade die LOINC-Distribution herunter (z.B. Loinc_2.81)
3. Entpacke das Archiv und trage den Pfad in LOINC_PATH ein

Die LOINC-Daten werden für deutsche Labels, Panel-Informationen und Answer Lists verwendet.

Schritt 6: Zotero API-Keys (optional)

Wenn du die Zotero-Literaturverwaltung nutzen möchtest:

1. Erstelle einen API-Key unter zotero.org/settings/keys
2. Trage die Werte in der .env ein:
   • ZOTERO_GROUP_API_KEY - für die Gruppen-Bibliothek
   • ZOTERO_PERSONAL_API_KEY - für die persönliche Bibliothek (optional)

Schritt 7: Stack starten

docker compose up -d

Beim ersten Start passiert automatisch:

1. Elasticsearch startet und wird als healthy gemeldet
2. SNOMED Unpacker entpackt das SNOMED-Paket in das sct_files-Volume
3. Snowstorm startet und wartet auf Elasticsearch
4. SNOMED Importer lädt die SNOMED-Daten über die Snowstorm-API (kann 10-30 Minuten dauern)
5. SNOMED Browser wird gestartet, nachdem der Import abgeschlossen ist
6. Ollama Init lädt das Standard-Modell qwen2.5:7b herunter
7. Alle weiteren Services starten parallel

Schritt 8: Verifizierung

Prüfe den Status aller Container:

docker compose ps

Führe den integrierten Doctor-Service aus, um alle Services, DNS-Auflösung und funktionale Routen zu prüfen:

docker compose run --rm doctor

Der Doctor prüft DNS-Auflösung, Snowstorm FHIR-Endpunkte, SNOMED-Routing durch den Terminology Proxy, LOINC deutsche Labels und Panel-Index sowie alle Health-Endpunkte. Bei Problemen zeigt er genau an, welcher Check fehlschlägt.

Alternativ für einzelne Services:

# Snowstorm
curl -s http://localhost:8090/fhir/metadata | jq .software

# Terminology MCP
curl -s http://localhost:3002/health | jq .

# MCP Bridge
curl -s http://localhost:8000/health | jq .

Elasticsearch-Speicher anpassen

Je nach Größe des SNOMED-Pakets muss der Elasticsearch-Speicher angepasst werden:

Setze den Wert in der .env-Datei:

ES_JAVA_OPTS="-Xms2g -Xmx2g"